В архитектуре этого здания отражаются три этапа строительства, проходившие с начала до середины XVII века. Более древняя часть корпуса ­– западная, примыкающая к сохранившейся пристройке церкви преподобного Пафнутия. Надвратный храм преподобного Пафнутия в XVI – XIX вв. находился над монастырскими воротами, через которые проходила основная дорога в монастырь. К храму были пристроены переходы, соединяющие его с зимними настоятельскими палатами и храмом Рождества Христова. Восточная сторона пристройки храма стала стеной пристроенных к ней в XVII в. юго-восточных братских келий.

Корпус юго-восточных братских келий первоначально был трехэтажным, но после пожара и разорения монастыря наполеоновскими войсками в 1812 году третий этаж был утрачен. Протяженность здания составляет около 100 м, изогнутая его форма повторяет изгиб крепостной стены. Помещения как первого, так и второго этажей разбиты на изолированные секции, каждая  состоит из сеней и 1–3 палат. Основной вход в палаты был с главного фасада. С задней стороны располагались выходы во двор либо в каменные «нужные места», примыкающие к корпусу со двора от крепостной стены.