Преподобный Пафнутий родился около 1395 года в селе Кудиново недалеко от Боровска. Родители его Иоанн и Фотиния были благочестивые и богобоязненные люди, воспитавшие сына, названного в крещении Парфением, в благоговении и страхе Божием. Дед Преподобного был татарским баскаком, принявшим Православную христианскую веру с именем Мартина и оставшимся жить на Руси в пожалованном ему селе Кудиново.

С детских лет Парфений возлюбил Господа, был тих и смиренен, любил уединение и молитву, чтение Священного писания и жития святых Божиих угодников. Поэтому, когда ему исполнилось  восемнадцать лет, он оставляет мир со всеми его прелестями и соблазнами и поступает в Высокий (от названия села Высокое, находящегося на высоком берегу реки Протвы) монастырь Покрова Божией Матери, расположенный недалеко от города Боровска, где принимает от игумена Маркелла монашеский постриг с именем Пафнутий.