В середине XX века, когда после нескольких десятков лет хозяйствования советской власти, архитектурный ансамбль монастыря пришел в полное разрушение, руководителями министерства культуры было принято решение о начале реставрационных работ. Это парадоксальное для богоборческой власти решение спасло уникальный, один из немногих подобных в Подмосковье, и пожалуй, в России архитектурный комплекс от уничтожения. 

В ходе реставрационных работ были спасены от неминуемого разрушения здания, относящиеся к XVI-XVIII вв., сохранены фрески XVI-XVII вв., а также обнаружены и переданы в государственные музеи блоки от первого белокаменного собора в честь Рождества Богородицы с сохранившимися фрагментами росписи живописца  Дионисия (датируются XV в.).