Правая (северная) половина Погребного корпуса наиболее древняя. По характеру декора и ряду других моментов можно предположить, что эта часть здания построена в начале XVI века – похожий декоративный элемент, украшающий восточный и северный фасады здания (кирпичная кладка в виде пояса, образующего на поверхности стены ряд треугольных углублений), имеется и на здании Царской Трапезной  1511 года постройки.

Левая (южная) часть здания отличается от северной как внешним, так и внутренним видом. В середине XIX века она была разобрана по причине ветхости и вновь сложена с некоторыми изменениями. Первоначально корпус был трехэтажным, но в 1794 году третий этаж разобрали.