Иеромонах Пафнутий (в миру Алексей Миргасимович Габидулин) родился 7 июля 1979 года в Воронежской области. Получил высшее образование в Воронежской государственной технологической академии на факультетах экономики и прикладной биотехнологии. Работал в Обнинске по специальности, создавая инновационную лабораторию, поступил в аспирантуру.

В 2003 году поступил в Свято-Георгиевский Мещовский монастырь, где исполнял послушание келаря, эконома, скитоначальника. Пострижен в монашество честь прп. Пафнутия Боровского.