Понятно, что духовное воспитание деятелей такого масштаба, как Иосиф Волоцкий, Вассиан Рыло, Макарий и других было бы просто невозможно без наличия в монастыре обширной библиотеки.

Но в дальнейшем многие ценные книги и рукописи из нее были утрачены. Еще Иосиф Волоцкий при уходе из монастыря унес с собой книги, которые при описании библиотеки Волоколамского монастыря П. М. Строев выделил в особый фонд (Строев П.М. Описание рукописей монастырей Волоколамского, Ново-Иерусалимского, Саввино- Сторожевского и Пафнутьева. СПб., 1891). Пафнутьевская библиотека, по-видимому, счастливо избежала разгрома 1610 г. Незадолго до начала осады монастыря она была увезена в Москву. Но мы не знаем, не понесла ли утрат библиотека во время событий 1812 г. Кроме того, известно, что в ней в 1820 г. работали П. М. Строев и основатель известной библиотеки граф Николай Петрович Румянцев, при этом какие-то книги и рукописи были взяты из монастыря в музей.