По преданию, Иоанн был сыном преподобных Ксенофонта и Марии. После чудесного спасения от страшной бури на море Иоанн поступил в Синайский монастырь. Наставником и руководителем его стал авва Мартирий. После четырех лет пребывания Иоанна на Синае, он был пострижен в иночество.